Jeśli jednostka samorządu terytorialnego przed 1 października 2016 r. dokonała odliczenia kwoty podatku naliczonego z tytułu nabycia towarów i usług finansowanej ze środków europejskich i zwróciła tę kwotę podmiotowi, z którym została zawarta umowa o dofinansowanie, nie musi się wywiązywać z żadnych dodatkowych obowiązków przewidywanych przez ustawę o centralizacji VAT. Problem wystąpi, jeżeli takiego zwrotu środków nie dokonała. 
